Température de fusion d'une amorce (règle de Wallace)
Calculateur
Résultats
- Température de fusion Tm (°C)
- 62
- Longueur de l'amorce (nucléotides)
- 20
- Teneur en GC (%)
- 55
- Température d'hybridation suggérée (°C)
- 57
Résultats de biologie et laboratoire
| Température de fusion Tm (°C) | 62 |
| Longueur de l'amorce (nucléotides) | 20 |
| Teneur en GC (%) | 55 |
| Température d'hybridation suggérée (°C) | 57 |
Diagramme formula-map
- Température de fusion Tm (°C)
- 62
- Longueur de l'amorce (nucléotides)
- 20
- Teneur en GC (%)
- 55
- Température d'hybridation suggérée (°C)
- 57
Décomposition de la formule
Formule
Tm = 2 × (A + T) + 4 × (G + C) (Wallace rule, short primers)= 62
Note
Modèle simplifié : ces résultats utilisent les relations de laboratoire classiques et des constantes moyennes (A260 = 1 pour 50 µg/mL d'ADN double brin, 617,96 g/mol par paire de bases, ~110 Da par acide aminé, croissance exponentielle idéale). Les échantillons réels varient selon la pureté, les contaminants, le tampon, la température et l'étalonnage de l'appareil. Vérifiez toujours avec vos propres étalons et votre protocole ; ne pas utiliser pour un usage diagnostique ou critique pour la sécurité.
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Voir tout →Questions fréquentes
Que calcule la règle de Wallace ?+
La règle de Wallace donne une estimation rapide de la température de fusion (Tm) d'une amorce avec la formule Tm = 4°C x (nombre de G+C) + 2°C x (nombre de A+T), en s'appuyant sur l'idée que les paires G-C (trois liaisons hydrogène) apportent plus de stabilité thermique que les paires A-T (deux liaisons hydrogène).
La règle de Wallace est-elle aussi précise que d'autres méthodes de calcul de Tm ?+
C'est une approximation rapide adaptée aux amorces courtes, environ 14 à 20 bases ; pour des amorces plus longues ou une plus grande précision, les méthodes thermodynamiques des plus proches voisins tiennent compte du contexte de séquence spécifique et de la concentration en sel, et sont considérées plus fiables.
Pourquoi deux amorces avec la même teneur en GC donnent-elles le même Tm ici ?+
La règle de Wallace ne compte que le nombre de bases G/C et A/T présentes, pas leur ordre le long de la séquence, donc deux amorces de même longueur et même composition en bases renverront toujours un Tm identique selon cette méthode, même si des méthodes de plus proches voisins les distingueraient.
La concentration en sel influence-t-elle le résultat ?+
La règle de Wallace de base n'inclut pas de terme de correction pour le sel, contrairement aux calculs de plus proches voisins ; elle suppose implicitement des conditions salines standards de PCR, donc elle sera moins précise pour des réactions avec des concentrations inhabituelles en cations monovalents ou divalents.
Quel écart de Tm entre une paire d'amorces est acceptable pour une PCR ?+
La plupart des protocoles recommandent de maintenir le Tm des amorces sens et anti-sens à environ 1-2°C l'un de l'autre pour qu'elles s'hybrident efficacement à la même température d'appariement ; un écart plus important peut biaiser l'amplification en faveur de l'amorce ayant le Tm le plus élevé.